E' lo stesso Palladio, all'interno di suoi Quattro Libri di Architettura ad indicare i nomi degli artisti impegnati nella decorazione interna alla Villa Godi Malinverni: Gualtiero Padovano (Padova, 1510 circa-1552), Battista Del Moro (Verona, 1514-1575) Battista Zelotti (Verona, 1526-Mantova, 1578). Villa Godi Malinverni al suo interno custodisce due scuole pittoriche, nettamente diverse tra loro per temi trattati e per l'utilizzo dei colori.

Guardando la facciata della villa, nell'ala di sinistra e nel salone centrale, si potrà visitare la scuola classica, con Battista del Moro e Battista Zelotti: ritroviamo divinità e paesaggi greci nelle finestre, raffigurazioni di figure maschili che esprimono forza e virilità e figure femminili che richiamano la l'abbondanza e la fertilità, le cariatidi, raffigurazioni di scene epiche. I colori degli affreschi sono tenui, non solo perché non hanno subito ristrutturazioni, se non in piccolissime aree bensì perchè la scuola insegnava l'utilizzo del rosa antico, dell'azzurro zaffiro e del giallo ocra.

Nell'ala destra della villa, invece, si potrà visitare la scuola mistica, con Gualtiero Padovano (ala restaurata). L'artista utilizza spesso simmetrie con venerazioni al focolare domestico, con l'utilizzo di satiri; in sostituzione alle cariatidi ripropone i telamoni, figure miste colonne e uomo/animale quasi demoniache ed inquietanti; la raffigurazione delle divinità greche dovrebbero derivare dall'influenza della scuola classica (si deve ricordare che le due scuole hanno lavorato quasi in contemporanea). I colori delle sale sono molto più sgargianti, questo non solo per il restauro realizzato dopo la prima guerra mondiale, ma soprattutto poichè già l'artista aveva utilizzato un verde acido e un giallo più energico.

Durante la Prima Guerra Mondiale inoltre, la Villa fu sede del comando Inglese.

Qui Luchino Visconti, approfittando stupenda scenografia offerta dalla villa, girò uno dei suoi più celebri film, Senso nel 1954.

(Battista del Moro) Grandi cariatidi a monocromo, poggiando su uno zoccolo, sostengono una trabeazione con sopra la raffigurazione di putti con libri e strumenti musicali. Nei riquadri alle pareti appaiono alcuni personaggi identificabili come Poeti (notasi la corona d'alloro) accompagnati dalle Nove Muse, ma solo alcune di esse portano gli attributi necessari al loro riconoscimento.
In particolare, lasciando alle spalle la porta d'ingresso, a destra può essere individuata la musa dell'Astronomia Urania. Sul camino è rappresentato, invece, Dante (figura importante della letteratura italiana). Il lampadario è del Settecento, in vetro di Murano.

(Battista Zelotti) Un basso zoccolo sostiene delle rovine architettoniche in finto marmo bianco e inserti di mattoni; entro nicchie frammenti di statue. Finestre e porte sono decorate con finte cornici con festoni ai lati e piccoli timpani. Lasciando alle spalle il camino, troviamo rappresentate, adagiate su nubi dai delicati colori cangianti, alcune divinità: al centro Giove e Giunone, poi Cibele (dea dell'architettura con una torre sulla testa), Cerere (dea delle messe con un fascio di spighe), Mercurio, Crono (dio del tempo con la falce), Diana (dea della caccia con l'arco).
Guardando il camino sulla nostra destra, Venere e Cupido, e Bacco(dio del vino) e con altre divinità maschili e femminili. Sul camino è rappresentata la Caduta di Vulcano, figura rapportabile a quelle di Palazzo Tè a Mantova, privata però del senso grottesco che caratterizza le raffigurazioni di Giulio Romano. A sinistra ritroviamo Marte con Nettuno ed una fanciulla raffigurata. Il tratteggio nello sfondo deriva da un ripensamento dell'autore.
In questa stanza si avverte l'indifferenza delle divinità per le vicende umane, nessuna divinità sul suo trono fatto di nubi rivolge il suo sguardo in basso, soffermandosi su quelli che sono i loro mortali osservatori. Anche in questo caso il lampadario è in vetro di Murano e risale al Settecento.

(Battista Zelotti) La stanza prende il nome dalla raffigurazione di Venere, Cupido e Vulcano realizzata sulla cappa del camino: particolarmente raffinato appare il decoro dorato del triclinio dove si trova Venere ed il contrasto fra la pelle rosata della dea e il drappo candido che la copre. Lunghe colonne ioniche ripartiscono la stanza. Lasciando alle spalle il camino alla nostra destra, sopra la porta, abbiamo la raffigurazione della Giustizia, affiancata da Plutone a sinistra e Crono a destra.
Spostando lo sguardo alla parete di fronte al camino, appare un grande riquadro con raffigurato Enea e Didone. A sinistra un fanciullo e un paggio escono da una finta porta, raffigurazione a trompe l'oeil, elemento ricorrente nell'opera di Paolo Veronese.
Sopra a questa finta porta è raffigurata la Prudenza, mentre sopra l'uscita che immette alla prossima stanza è raffigurata la Temperanza. Nella parete contigua ancora figure di statue entro finte nicchie rappresentanti Giove (aquila) e Nettuno. Il lampadario in legno intarsiato risale al Seicento e proviene da una galea veneziana.

(Battista Zelotti) Prende il nome dalle figure allegoriche delle Arti dipinte sopra le finte arcate che fanno da cornice a statue dorate e busti bronzei. Al fianco delle porte, in tinta sabbia, vengono raffigurate la Primavera, e di fronte ad essa l'Estate.
Entrambe le raffigurazioni sono affiancate da carcerati. Nella finta finestra viene raffigurato un paesaggi greco in rovina, la cui cornice è arricchita da trofei con putti, armi e strumenti musicali. Completano la decorazione le nicchie con all'interno raffigurate finte statue di divinità: Bacco, Apollo, Mercurio e un'altra divinità non identificata.
Il lampadario è in vetro di Murano, del Settecento.

(Battista Zelotti) Le pareti sono suddivise da elementi architettonici chiari (colonne corinzie e strutture a timpano sostenute da un basamento decorato con riquadri monocromi) di evidente sapore palladiano. Ponendoci al centro della stanza, rivolti di fronte alla porta, si può notare la presenza nelle pareti a destra e a sinistra di due finte finestre: nella prima appare un paesaggio con il Ratto di Europa (quando Zeus si trasforma in toro e rapisce Europa), nella seconda il Ratto di Ganimede. Tradizionalmente si ritiene che il gentiluomo rappresentato seduto alla finestra sia Gerolamo Godi. Guardano la loggia, sulla parete di sinistra viene rappresentata la Battaglia fra Dario e Alessandro; nella parete opposta la Restituzione del corpo di Dario da parte di Alessandro.
Per entrambe le scene, la cornice architettonica è stata creata per dare l'illusione di trovarci di fronte a due episodi che si compiono all'esterno. Completano la decorazione putti con mazzolini di rose in mano e figure femminili, spesso sedute sulle cornici. Sopra il portale principale che da sulla loggia è rappresentata la scena allegorica con Ercole fra la Virtù e la Fatica, entro una elaborata cornice lignea, nell'architrave sopra la porta d'ingresso è inciso il motto "et libera nos a malo" (e liberaci dal male... Frase in Loggia: State fuori o voi profani). Sopra le tre portevetrate viene raffigurata la Fama fra due Prigioni (significato: per raggiungere il successo si deve infrangere la legge... concetto di natura storica romana).
Un'ultima nota: Il lampadario è del Settecento, in vetro di Murano.

(Gualtiero Padovano) La stanza deve il suo nome al bimbo seduto alla finestra, davanti al paesaggio. E' decorata con colonne ioniche e con finte nicchie che ospitano statue di divinità. Lungo il cornicione corre un fregio con altri dei; durante l'Ottocento tutta questa parte aveva subito un rimaneggiamento con l'aggiunta di drappi scuri per coprire le nudità, in seguito eliminato durante il restauro.
La decorazione è completata da pannelli con grottesche, particolare tipo di decorazione che si sviluppò successivamente alla scoperta della Domus Aurea di Nerone, allora completamente interrata: da ciò deriva il nome di questo tipo di decorazioni che spesso rappresentato elementi legati all'alchimia o al mondo contadino. Le porte presentano una decorazione simile. Il lampadari è in cristallo di Boemia, del Settecento.

(Gualtiero Padovano) Così chiamata dal fregio continuo posto in alto, dove è evidente il riferimento alla rappresentazione dei Trionfi di Cesare del Mantegna, da cui è ripresa la forma allunata della figure. Interessate è il grande paesaggio situato sulla parete di fronte al camino, dove è rappresentato il Colosso di Rodi.
Sulla cappa del camino è rappresentata la Securitas, divinità protettrice del focolare domestico. La decorazione delle pareti è affidata a telamoni che sostengono la trabeazione e riquadri a monocromo. Diversa è la scena sul soffitto, realizzata dallo Zelotti, dove è rappresentata, in un ovale posto all'interno di una cornice lignea, Minerva che incatena il Vizio.
Di mano dello Zelotti sono anche gli altri riquadri con putti che completano il soffitto. In questa stanza le luci sono sostenute da dei sostegni per le torce risalenti al Seicento.

(Gualtiero Padovano) Interessante l'utilizzo del colore. Colonne corinzie con capitelli dorati dividono le pareti in riquadri aperti su sereni paesaggi (sempre raffiguranti realtà locali), caratterizzati da ampi cieli azzurri, montagne e fiumi in cui la presenza dell'uomo è limitata a piccole figure colorate o a qualche elemento architettonico.
La sala prende il nome da i busti di imperatori realizzati come sovrapporte e sopra la cappa del camino. La serie dei "busti" nasce dal motivo iconografico degli imperatori, usato spesso nelle decorazione interna alle ville. Di norma, la successione degli imperatori deriva dal "De vita duodecim Cesarum libri VIII" di Svetonio. Poiché la scelta dei personaggi era piegata alle intenzioni autocelebrative del committente, potevano comparire dei Cesari non facenti parte delle serie individuata dallo scrittore latino, spesso infatti lo stesso committente si riteneva diretto discendente di una delle famiglie degli imperatori romani e inseriva quindi il riferimento alle sue illustri origini modificando la serie originale.

(Gualtiero Padovano) Le colonne doriche reggono una trabeazione continua, negli spazi fra di esse sono dipinti paesaggi e nicchie in finto bugnato con statue di divinità.
La stanza prende il nome dalla raffigurazione delle sovrapporte, con scene di sacrifici romani, condotte a monocromo.

La decorazione è strettamente connessa alla struttura stessa architettonica della loggia. Il soffitto è dominato dal riquadro con Mercurio e Primavera. Tradizionalmente nei paesaggi realizzati alle pareti si riconosce la rappresentazione della valle sui cui si affaccia la villa. Negli archi sopra le porte di accesso alle stanze sono rappresentate delle raffigurazioni a grotteschi (viene raffigurata la vestale dell'abbondanza che sorregge i cesti con i frutti della terra ed il serpente, ossia l'intelligenza, che tiene lontano i satiri, ossia il male), al di sotto di queste due finte porte contengono le raffigurazioni di due personaggi: una contadina con un fuso e un contadino con una cesta di prodotti dell'agricoltura. Da non dimenticare che spesso nei broli adiacenti alla ville veniva coltivato il baco da seta e che la produzione dei tessili era una dei mezzi di sostentamento dei committenti.
Anche l'acqua è un elemento necessario alla vita in villa e proprio il fiume che scorreva nelle vicinanze della stessa dimora è il protagonista delle raffigurazioni di questi paesaggi. Sopra il portale di accesso c'è la raffigurazione della Securitas, a proteggere la famiglia. Nell'architrave è scolpita la frase "procul este profani" cioè "state lontano o voi profani", frase che può essere interpretata come l'intento del committente di mantenere lontano chi non ha le capacità i capire il programma da lui scelto per affrescare la sua dimora.